Der Freundeskreis Botanischer Garten Wilhelmshaven e. V. wurde im November 2002 auf Anregung von Harald Witte, damals Leiter des Kulturbüros der Stadt, gegründet und am 20.01.2003 in das Vereinsregister beim Amtsgericht Wilhelmshaven eingetragen. Laut Satzung ist das Ziel des Vereins die Bildung auf dem Gebiet der botanischen Wissenschaft und Forschung sowie der Hortikultur und des Naturschutzes. Der Verein möchte Interesse und Verständnis für die Bedeutung der Pflanzensammlung des Botanischen Gartens der Stadt Wilhelmshaven erwecken und vertiefen, die Öffentlichkeit umfassend informieren und zu aktiver, engagierter Unterstützung veranlassen. Diesem Ziel entsprechend stellt der Freundeskreis Mittel für besondere Aufgaben und Projekte des Botanischen Gartens bereit. So hat sich der Verein an verschiedenen Finanzierungen beteiligt wie etwa der „Silberrose“, auf deren Blättern die Geschichte der Wildrose dargestellt ist, drei „Duftorgeln“, die mit dem Duft verschiedener Pflanzen gefüllt sind, oder einem Beamer für die Vorträge, die von verschiedenen Einrichtungen im Gartenhaus angeboten werden.
Zuwendungen für den Botanischen Garten nimmt der Freundeskreis gerne entgegen. Sie sind steuerlich absetzbar. Für Zuwendungen ab 500 Euro bedankt sich der Freundeskreis mit dem Namen des Spenders oder der Spenderin auf einem Blatt der Spendenranke (Sponserina polyphylla) im Garten.
Von der Gründung bis 2017 war Claudia Behrbohm die Vorsitzende des Freundeskreises. Wegen ihrer Verdienste für den Verein wurde sie zum Ehrenmitglied ernannt. Aktuell besteht der Vorstand des Freundeskreises aus folgenden Personen:
Vorsitzender: Dr. Erwin Strahl
Stellvertretender Vorsitzender: Prof. Dr. Felix Bittmann
Schatzmeister: Frank Ringelhan
Schriftführerin: Heidrun Helmig-Hochheiser
Kraft Amtes gehört die Leitung des Botanischen Gartens zum Vorstand. Aktuell ist das Dr. Sigrid Heider.